Die Flussperlmuschel war noch zu Beginn des letzten Jahrhunderts in den Bächen einiger Mittelgebirge weit verbreitet. Besonders durch die Verschmutzung der Bäche, ihre Begradigung und Befestigung, aber auch durch das Absammeln der Tiere zur "Gewinnung" von Perlen sind die Bestände stark zurückgegangen oder gänzlich ausgestorben. In Unterfranken gibt es nur noch ein einziges Vorkommen mit einer geringen Anzahl von Alttieren.

Flussperlmuscheln benötigen zur Vermehrung junge Bachforellen als Wirtstiere. Die Larven der Muschel (Glochidien) heften sich im Sommer an die Kiemen der Forellen, überwintern dort und verlassen im nächsten Frühjahr den Fisch als Jungmuscheln. Die erwachsenen Muscheln leben im sandigen Bachbett.

Nachdem sich die Wasserqualität in den letzten Jahren deutlich verbessert hat, gibt es Versuche die Flussperlmuschel in Naturschutzgebieten wieder anzusiedeln.